Développeur/spécialiste de données médicales

Job summary

Build ETL pipelines and research datasets, harmonize hospital data using standards such as OMOP and FHIR, and map medical terminology to international reference systems. Collaborate with researchers, use generative AI to extract and standardize information from unstructured clinical data, document dataset specifications, apply quantitative transformations, and ensure data quality.

Job details

Une équipe du CHU Sainte-Justine Composé de plus de 200 chercheurs reconnus, le Centre hospitalier universitaire Sainte-Justine est le plus grand centre mère-enfant au Canada et l’un des plus importants en Amérique. Au service des enfants atteints de maladies rares, cancers et autres conditions médicales graves, les applications et technologies que notre équipe développe, servent à optimiser l'utilisation des données massives de santé pour la recherche et ainsi contribuer à l'amélioration des traitements et diagnostics des petits patients du CHU Sainte-Justine et partout dans le monde. Analyste de données Nous recherchons un développeur spécialiste de données médicales pour travailler au sein de l’équipe de la plateforme de mégadonnées (UniC) qui intègre l’ensemble des données clinico-administratives générées par l’hôpital. Cette plateforme est constituée d’un lac de données alimenté par les différents systèmes hospitaliers, ainsi qu’une gamme d’outils analytiques performants adaptés à la science des données massives. Votre rôle Vous êtes autonomes et prenez vos responsabilités à cœur. Positif, créatif et ouvert aux idées nouvelles, vous faites preuve de flexibilité afin de réaliser votre mission. En tant que membre de l’équipe Ferlab, vous rôle consistera à : Construire des pipelines ETL Extract, Transform, Load) pour enrichir l'entrepôt de données et développer des jeux de données pour la recherche. Harmoniser des données hétérogènes en appliquant des standards tels que le modèle OMOP (Observational Medical Outcomes Partnership) et/ou le standard FHIR (Fast Healthcare Interoperability Resources) et faire le mappage de terminologies médicales vers des référentiels internationaux standardisés (ex: CIM-10, SNOMED, LOINC). Collaborer avec les chercheurs du CHUSJ et de d'autres établissements pour préparer et analyser des jeux de données. Utiliser des modèles d'IA générative (LLM) afin d'extraire et standardiser les données médicales à partir des notes cliniques ou autres sources de données non-structurées. Préparer et documenter les spécifications requises pour l’élaboration des jeux de données. Appliquer des transformations de données quantitatives, notamment la normalisation des données. Assurer la qualité des données. Notre stack technique Nous privilégions l’utilisation de logiciels Open Source, publiés sur GitHub et sommes toujours ouverts à explorer de nouvelles technologies et façons de faire. Nous travaillons avec les langages Scala, Python et R. Nous utilisons les plus récentes technologies telles que, par exemple, Airflow, Delta lake et Iceberg, ElasticSearch, PostgreSQL, S3 (Minio). Nous Cherchons Une Personne Ayant Un diplome universitaire en informatique, statistique ou domaine équivalent Une connaissance des données hospitalières et de la nomenclature et codage des diagnostics et procédures médicales De l’expérience dans l’application d'approches de l'intelligence artificielle dont l’optimisation des performances des modèles de langage et l'application d'instructions génératives avancées. De l’expérience en langages Python, R, Scala ou autres. De l'expérience avec le versionnage de code (Git). De l’expérience avec AWS ou autre plateforme infonuagique et object stores S3 De la facilité à travailler dans un environnement agile et collaboratif De bonnes habiletés de communication (Français et Anglais) Proactif et débrouillard, être capable de se mettre en mode solution! Conditions Nous vous offrons des conditions qui s'harmonisent parfaitement avec vos obligations personnelles, pour vous faciliter la vie et non l’inverse ! 35 heures semaine – vous aurez une grande flexibilité dans votre horaire Sélection libre des vacances – vous débutez avec 4 semaines 9.6 jours de congés maladie payés (3 en journées personnelles) 13 jours fériés - au lieu de 10 (tel que prévu par la CNESST) Fonds de pension généreux – l’un des meilleurs sur le marché Un régime d’assurance collective et un programme d’aide aux employés – pour vous et votre famille Une garderie sur place – pour les parents qui souhaitent travailler en présentiel Possibilité de télétravail Environnement de travail Linux ou Mac à votre choix. La maîtrise du français, tant à l'oral qu'à l'écrit, est essentielle pour ce poste. Joignez-vous à nous et mettez vos compétences au service de la santé des enfants. Postulez par courriel au carrieres@ferlab.bio.

What you’ll do

Build ETL pipelines and research datasets, harmonize hospital data using standards such as OMOP and FHIR, and map medical terminology to international reference systems. Collaborate with researchers, use generative AI to extract and standardize information from unstructured clinical data, document dataset specifications, apply quantitative transformations, and ensure data quality.

Requirements

A university degree in computer science, statistics, or an equivalent field is required, along with knowledge of hospital data and medical diagnosis and procedure coding. Candidates should have experience with AI and language models, programming in Python, R, Scala, or similar languages, Git, and cloud platforms or S3 object storage; strong French and English communication skills and the ability to work collaboratively are also sought.

Benefits

• Flexible Schedule
• Four Weeks of Vacation
• Paid Sick Leave
• Personal Days
• Thirteen Public Holidays
• Pension Plan
• Group Insurance
• Employee Assistance Program
• On-Site Daycare
• Remote Work Option
• Choice of Linux or Mac Work Environment

Listed skills

• Amazon Web Services · Preferred
• Git · Preferred
• Python · Preferred

Other relevant skills

Identified from the job description. Confirm important requirements above.

• ETL Pipelines
• Medical Data Harmonization
• OMOP
• FHIR
• Medical Terminology Mapping
• ICD-10
• SNOMED
• LOINC
• Generative AI
• Large Language Models
• Python
• R
• Scala
• Git
• AWS
• Data Quality

Job areas

• Data & Analytics
• Technology
• Healthcare
• Software
• Science & Research